藥學系的學程結合基礎醫學與藥物科學的知識，培訓健康照護與製藥科技的技能，並養成仁智兼備的專業態度，使畢業生得以從事健康醫療相關之藥事服務與製藥產業之研究發展。

我國的藥師法授予藥師的業務及責任包括：(1) 藥品調劑、儲備、管理與販售等；(2) 藥品製造之監製、鑑定與分裝等；以及 (3) 維護用藥安全的藥事照護相關業務。

隨著高齡化社會來臨，慢性疾病與長期照護患者將日益增多；再者，新藥物持續問市，用藥複雜化與副作用的顧慮，均使藥師的專業角色日益重要。所以，培養具備藥事照護專業技能的藥師，保障民眾用藥安全與效益，是藥學教育的主要目標之一。

另一方面，面臨政府極力推動生技製藥產業的時刻，積極培育藥物科技領域的專業人才，落實產學合作，才能銜接基礎研究與產業化的缺口。運用成大優厚的學術資源，培育製藥科技實務人才，進而充實產業科技開發體系，也是藥學教育的重要任務。